No âmbito do IFMT, a escolha dos dirigentes máximos das unidades (diretores gerais e reitor) é feita pela própria comunidade acadêmica mediante processo eleitoral que se estabelece a cada 4 anos. A escolha envolve o voto secreto de estudantes, professores e técnicos-administrativos.

Ao final do processo, o candidato eleito para o cargo de reitor é nomeado pelo Presidente da República, conforme o Art. 12 da Lei 11.892/2008 e os candidatos eleitos para os cargos de diretores gerais nos campi são nomeados pelo pelo reitor, conforme Art. 13 da mesma norma.

Podem se candidatar ao cargo de reitor os docentes pertencentes ao Quadro de Pessoal Ativo Permanente de quaisquer campi e campi avançados que integram o IFMT, desde que possuam o mínimo de 05 (cinco) anos de efetivo exercício em Instituição Federal de Educação Profissional e Tecnológica e que atendam a pelo menos um dos seguintes requisitos: possuir título de doutor, ou estar posicionado nas classes D-IV ou D-V da carreira do Magistério do Ensino Básico, Técnico e Tecnológico EBTT, ou na classe de Professor Associado da carreira do Magistério Superior.

Já para o cargo de diretor-geral dos campi e campi avançados do IFMT, podem se candidatar os servidores ocupantes de cargo efetivo da carreira docente (EBTT) ou de cargo efetivo de nível superior da carreira dos técnicos administrativos, desde que possuam o mínimo de 05 (cinco) anos de efetivo exercício em Instituição Federal de Educação Profissional e Tecnológica e que se enquadrem em, pelo menos, uma das seguintes situações: preencher os requisitos exigidos para o cargo de reitor; possuir no mínimo 02 anos de exercício em cargo ou função de gestão na instituição; ou ter concluído, com aproveitamento, curso de formação para o exercício de cargo ou função de gestão em instituições da administração pública.